1898. Allen et Lenalee sont enfin parvenu à vaincre l'akuma de niveau 4. Mais ce qui aurait pu paraître comme étant une fin, ne se révèle qu'être le début de profonds ennuis.
Tout juste après le déménagement de la congrégation, le comportement d'Allen se fait de plus en plus étrange. On découvre alors qu'en lui coule du sang de Noah, et qu'il n'est autre que le quatorzième de ce clan – le quatorzième étant un traitre ayant autrefois comploté contre le comte. Avec doute et crainte, le groupe The Crow mettra à l'épreuve notre héros, qui avouera ne jamais abandonner son poste d'exorciste...
Cela aurait pu bien se terminer mais, la disparition du maréchal Cross ne pencha pas en faveur d'Allen.

Après avoir réalisé leur mission sur l'identité du mystérieux voleur G. Allen, Mary, Kanda et Link revinrent avec un nouvel exorciste dans leur rang. C'est d'ailleurs durant cette période que tous purent apprendre l'existante des troisième génération, des membres de The Crow ayant été partiellement changés en akuma, grâce aux fragments de l'œuf.  

La congrégation reste toujours en quête du cœur précieux...mais étrangement, elle n'a aucune nouvelle du comte. Dieu seul sait quel coup tordu il prépare.
Mais le 10 septembre survient un changement de taille à la congrégation, en effet Komui l'intendant n'est plus le grand leader du QG, puisque Kaiser, le quatrième Grand Maréchal, s'est déplacé pour prendre son poste au quartier général, afin de pallier aux faiblesses et contre-performances de l'organisation. De nouvelles réformes implantent maintenant l'apprentissage de sorts de magie noire basiques pour les nouveaux finders, et surtout les akuma modifiés de seconde génération font leur apparition, possédant une commande irréversible qui leur permet d'ignorer les ordres des noahs en sacrifiant leur conscience.

1899. De son coté, le Saint Ordre des Alkystes qui jusque là n'était semblerait-il pas impliqué dans le conflit commençait à bouger... En effet, les branches du mystérieux organisme répandues à travers le monde envoyaient des Alkystes un peu partout. Malgré le pacte de non-agression signé avec le comte, ceux-ci ne se gênaient pas pour détruire les Akuma qui les gênaient, en désobéissant au pacte... Les relations avec la congrégation étaient toujours aussi tendues... Jusqu'à ce que, le 15 janvier 1899 le Roi apparaisse devant ses sujets, lors d'un rassemblement conviant les membres de la Congrégation, devant tout le monde il a mit fin au pacte de non-agression, déclarant la guerre au Comte et concluant par la même une alliance avec la congrégation. Aujourd'hui le Comte se voit donc contraint d'affronter deux ennemis liés par une alliance militaire... Le Comte semble fou de rage devant l'échec cuisant que fut l'attaque qu'il a lancé sur le rassemblement où le Saint Ordre s'est retourné contre lui... Il s'est enfermé et maintenant, le 15eme Noah, Haruo Takeyama, qui s'est éveillé il y a peu, lui sert de relais pour transmettre ses ordres.